डीएनए माइक्रोअरे Back

( पृथ्वीराज चौहान, सीएच मोहन राव एवं एम बी माधवी)

माइक्रोअरे एक हाईथ्रूपुट तकनीक है, जिसके द्वारा हजारों जीनों के अभिव्यक्ति स्तर का विश्लेषण किया जाता है अथवा एकल परीक्षण में कई एसएनपी की जीनोटाइपिंग की जाती है ।

इस सुविधा के द्वारा मूलभूत शोध के साथ-साथ जैवऔषधि एवं कृषि जैव प्रौद्योगिकी के अनुप्रयोग के लिए जीनोम का व्यापक विश्लेषण किया जा सकता है ।
माइक्रोअरे (जिसे डीएनए/जीन चिप्स के नाम से भी जाना जाता है) को आणविक जैविकी एवं सूचना-प्रौद्योगिकी से समेकित प्रौद्योगिकी द्वारा पैदा किया जाता है ।
हमारे पास दोनो प्रकार के प्रमुख अरे प्लेटफार्म है :

  • स्पॉटेड अरे
  • एफीमेट्रिक्स स्पॉटेड अरे प्रणाली
  • जेनरेशन III अरे स्पॉटर (36 स्लाइडों पर  9,216 पिक्स लक्षणों की पहचान कर सकता है )
  • एक्सान जीन पिक्स 4000B स्कैनर
  • इंस्ट्रूमेंट कंट्रोल DELL ऑप्टीप्लेक्स 755 (पेंटियम 1.8GHz, 2GB RAM, XP Prof. 2002-OS)
  • जीन पिक्स प्रो 7.0 (इमेज विश्लेषण s/w)
  • Analysis HP xw8600 Wks (Xeon 2.0GHz, 8GB RAM, XP Prof. x64 2003-OS)
  • Acuity 4.0 (आंकड़ा विश्लेषण s/w)

 

((हितेन्द्र पटेल एवं पी रमेश))

एफीमेट्रिक्स प्रणाली  :

इसका प्रयोग व्यापक तौर पर जीनोटाइपिंग अनुप्रयोगों एवं जीन अभिव्यक्ति से जुड़े अध्ययनों के लिए किया जाता है ।
•    हाईब्रिडाजेशन ओवेन 640
•    फ्लूडिक्स स्टेशन 450
•    स्कैनर 450
•    इंस्ट्रूमेंट कंट्रोल DELL वर्कस्टेशन (Xeon 3GHz, 2GB RAM, XP Prof. 2002-OS).
•    एफीमेट्रिक जीनचिप कमांड कंसोल (इमेज/आंकड़ा विश्लेषण s/w)
•    जीनस्प्रिंग 11.5 (आंकड़ा विश्लेषण s/w)
•    विश्लेषण HP z600 Wks (Xeon 2.67GHz, 16GB RAM, x64 Win.Prof.7-OS)

संपर्क
प्रभारी : डॉ. रमेश वी सोंटी sonti@ccmb.res.in फोन 27192517 स्टॉफ कक्ष C405   फोन 27192628
एम बी माधवी (वैट-लैब विश्लेषक) madhavimb@ccmb.res.in
पी रमेश (आंकड़ा विश्लेषक) rameshp@ccmb.res.in
 

प्रकाशन:

Prasad Mohit, Kalpana Makhijani, M.B. Madhavi, V. Bharathi, Ashish Lal, Gururaj Sirdesai, V. Ram Reddy, Palaparthi Ramesh, Ramakrishna Kannan, Jyotsna Dhawan and L.S. Shashidhara, Modulation of AP and DV Signaling pathways by the homeotic gene Ultrabithorax during haltere development in Drosophila, Developmental Biology, Volume 291, Issue 2, 15 March 2006, Pages 356-367.


Gopaljee Jha, Hitendra Kumar Patel, Madhumita Dasgupta, Ramesh Palaparthi and Ramesh V. Sonti, Transcriptional Profiling of Rice Leaves Undergoing a Hypersensitive Response Like Reaction Induced by Xanthomonas oryzae pv. oryzae Cellulase, Rice, Volume 3, Number 1, March 2010, Pages 1-21.

Rajeswari Jinka, Renu Kapoor, Sivapriya Pavuluri, Avinash T Raj, Mahesh J Kumar, Lakshmi Rao and Gopal Pande (2010) Differential gene expression and clonal selection during cellular transformation induced by adhesion deprivation, BMC Cell Biology, Vol 11:93.

स्रोत सूत्र:

ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/ae/ 
Gene Expression Omnibus - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 
Stanford Microarray Database - http://smd.stanford.edu/ 
Microarray databases - http://mybio.wikia.com/wiki/Microarray_databases 
NetAffxTM Analysis Center - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx 
DNA MICROARRAY VIRTUAL LAB -. http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/
TIGR - http://www.tm4.org/midas.html 
DAVID Bioinformatics Resources - http://david.abcc.ncifcrf.gov/ 
Tools for Analysis of Data Sets - http://www.geneontology.org/GO.tools.microarray.shtml

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